В октябре 2003 года Майнингер был задержан тольяттинской милицией по подозрению в убийстве главного редактора газеты "Тольяттинское обозрение" Алексея Сидорова. Во время допросов Майнингера вынудили дать признательные показания, от которых он позже отказался. Евгений Майнингер пояснил своему адвокату Тамаре Кучме, что признался в убийстве Алексея Сидорова под пытками. В ходе медицинского освидетельствования у Майнингера были зафиксированы многочисленные телесные повреждения, в связи с чем прокуратура Самарской области возбудила и расследует в отношении сотрудников милиции уголовное дело по статье 286 УК РФ ("Превышение должностных полномочий").
В октябре 2004 года районный суд оправдал Майнингера за непричастностью к убийству Сидорова. Самарский областной суд оставил оправдательный приговор в силе.
В августе 2005 года районный суд обязал Министерство финансов выплатить Евгению Майнингеру 150 тысяч рублей в качестве компенсации морального вреда за ложное обвинение и год, проведенный в следственном изоляторе, а также 168 тысяч рублей в счет возмещения неполученной зарплаты.
Компенсация морального вреда в размере 150 тысяч рублей Майнингеру так до сих пор и не выплачена. Согласно федеральному законодательству, выплата компенсации должна производиться через 10 дней после вступления решения суда в силу.
Напомним, что настоящие убийцы журналиста до сих пор не найдены. Отец Алексея Сидорова неоднократно выступал в СМИ с заявлениями, что Евгений Майнингер невиновен в убийстве его сына.