Представитель Госдепартамента США Шон Маккормак завил, что "продолжающееся преследование двух предпринимателей ставит под вопрос верховенство закона в России". Он добавил, что "действия властей в деле Ходорковского и "ЮКОСа" вызывают серьезную озабоченность по поводу независимости судов, ненарушаемости договоров, прав на частную собственность и недостатка предсказуемого налогового режима". По мнению Вашингтона, действия российских судебных властей вредят репутации России, а также подрывают доверие к российским правовым и судебным институтам.
До выдвижения новых обвинений Лебедев и Ходорковский могли рассчитывать на досрочное освобождение в 2007 году. Однако теперь это исключено. Михаилу Ходорковскому и Платону Лебедеву 5 февраля были предъявлены обвинения по двум статьям "хищение путем присвоения" и "легализация (отмывание) денежных средств". Суммы были названы астрономические: от $22 до $25 млрд. По новым обвинениям Ходорковскому и Лебедеву может грозить до 15 лет заключения. И Ходорковский, и Лебедев не признали себя виновными, сообщили их адвокаты.
В мае 2005 года Мещанский суд Москвы признал Ходорковского и Лебедева виновными в уклонении от уплаты налогов и мошенничестве в крупном размере и приговорил к девяти годам лишения свободы каждого с отбыванием наказания в колонии общего режима. 22 сентября Мосгорсуд подтвердил приговор, снизив при этом срок наказания до 8 лет. 15 октября Ходорковский был доставлен в исправительную колонию, которая находится в 550 километрах от Читы на окраине города Краснокаменск. Лебедев был отправлен в колонию №3 в поселке Харп ЯНАО.
