После допроса было оформлено его задержание по подозрению в причастности к запрещенной организации (ст. 282-2 УК РФ), содействии террористической деятельности (ст.205-1 УК РФ) и подготовке к действиям, направленным на насильственное изменение конституционного строя (ст. 30 ч.1, ст. 278 УК РФ).
Как сообщили 30 мая правозащитный центр "Мемориал" и комитет "Гражданское содействие", за неделю до задержания, утром 22 мая в дом Гималиева в его отсутствие ворвались шесть неизвестных в штатском. Матери обвиняемого, находившейся в доме, они заявили, что будут проводить обыск, но не предъявили соответствующего постановления и свои документы. Уходя, они оставили два номера телефона и потребовали, чтобы Марсель позвонил по какому-либо из них. Позднее, при допросе и задержании Гималиева, выяснилось, что обыск в его доме проводили сотрудники ФСБ.
Марсель Гималиев в 2005 году создал региональный правозащитный центр "Нова", целью которого являлась защита прав мусульман. Центр "Нова" неоднократно распространял информационные сообщения о нарушениях конституционных прав лиц, обвиняемых в "исламском экстремизме" или терроризме. В связи с этим, после прошедших в декабре 2006 года в Казани арестов в рамках указанного выше уголовного дела, к Гималиеву обратились родственники задержанных с жалобами на действия сотрудников спецслужб при проведении обысков. Уголовное дело о "подготовке насильственного изменения конституционного строя РФ" членами запрещенной исламской организации "Хизб ут-Тахрир" было возбуждено в декабре 2006 года. Девяти арестованным по нему гражданам (трех из них позднее отпустили под подписку о невыезде) это обвинение было предъявлено на основании того, что "идеология "Хизб ут-Тахрир" ставит своей целью построение халифата и считает порочными иные формы правления".
По поступившим в комитет "Гражданское содействие" и ПЦ "Мемориал" сведениям, кроме Гималиева, в течение последней декады мая были задержаны еще двое подозреваемых: Ильнар Зялилов и Умеджон Джураев. Всего по делу проходят 12 человек.
