Правозащитники сообщают о целом ряде нарушений в "деле Байбурина": в ходе предварительного следствия был нарушен порядок предъявления подследственному материалов дела для ознакомления, обязывающий предоставить на это не менее тридцати суток. Саид Байбурин и адвокат Светлана Авджаева фактически были лишены возможности полноценно ознакомиться с 4-мя томами дела и вещественными доказательствами. Кроме того, адвокат Байбурина была фактически лишена возможности исследовать вещественные доказательства обвинения – несколько изъятых компьютеров и содержимое их жестких дисков, так как независимый технический специалист, не смотря на предусмотренное законом право, не был допущен к работе с ними. На предварительном слушании, мировой судья Верещак отказала защите Байбурина в праве подать ходатайства об исключении незаконных доказательств. Заседание суда проводится не в зале, а в кабинете, куда допускают только трех граждан из числа желающих присутствовать на процессе. 21 ноября, недовольные тем, что один из посетителей производил аудиозапись процесса, отказавшиеся представиться судебные приставы грубо вывели его из здания суда и цинично оскорбили адвоката Светлану Авджаеву.
Саид Байбурин, исполнявший обязанности преподавателя мечети "Фаляк" Уфы 15 мая был остановлен сотрудником ГИБДД на улице и под предлогом проверки номеров двигателя и кузова принадлежавшей ему автомашины "Москвич" доставлен к Ордженикидзенскому РОВД. В результате проведенного группой лиц обыска были предъявлены найденные в автомобиле 400 грамм тротила, детонатор и героин. Свою вину Саид Байбурин не признал и считает произошедшее провокацией. В дальнейшем, следствие было вынуждено снять обвинения в хранении оружия и наркотиков, но обвинило Саида Байбурина в призывах к экстремистской деятельности.
