В основном претензии к концерну обусловлены "несбалансированностью" государственных тарифов, по которым электроэнергия продавалась на федеральном оптовом рынке до августа 2006 года.
По мнению налоговиков, занижение доходов "Росэнергоатомом" произошло из-за того, что тарифы, установленные для покупателей электроэнергии, оказались ниже тарифов, установленных для концерна как поставщика. Свою выручку "Росэнергоатом" посчитал, исходя из тарифов для покупателей, а налоговая инспекция считает, что концерн должен был исходить из тарифов, установленных для него самого.
Налоговики ссылаются также на то, что метод начисления, используемый "Росэнергоатомом" для налогового учета, требует определять доходы при поставке товара независимо от его фактической оплаты.
В пресс-службе "Росэнергоатома" сообщили, что жалоба по данному вопросу в Федеральную налоговую службу была направлена еще 11 марта.
После того, как 1 августа 2006 года в договорах стал прописываться единый тариф, проблема тарифного небаланса исчезла. Однако, по данным издания, общий размер аналогичных претензий за период с ноября 2003 года по август 2006 года во всей отрасли может составить до 10 миллиардов рублей.