В 1989-1990 годах - начальник Главного управления лечебно-профилактической помощи Минздрава РСФСР. С 1990 по 1994 год - заместитель министра здравоохранения РФ. В 1994-1996 годах - заведующий кафедрой экономики и управления здравоохранением Российского государственного медицинского университета.
С 30 сентября 1998 года Владимир Стародубов занимал пост министра здравоохранения РФ. 12 мая 1999 года отправлен в отставку в составе правительства Евгения Примакова. В состав нового правительства не вошел.
В ноябре 1998 года избран председателем правления Федерального фонда обязательного медицинского страхования (ФФОМС). В августе 1999 года был включен в федеральный список кандидатов в Госдуму избирательного блока "Отечество - Вся Россия" (третий номер в Томско-Омской региональной группе). По результатам выборов 19 декабря 1999 года в Госдуму не попал.
В марте 2004 года Владимир Стародубов назначен первым заместителем министра здравоохранения РФ, в апреле того же года утвержден в должности заместителя министра здравоохранения и социального развития РФ. Директор Центрального НИИ организации и информатизации здравоохранения Минздрава России (1999-2004). Представитель Российской Федерации в Исполнительном комитете Всемирной организации здравоохранения (назначен распоряжением правительства РФ от 12 мая 2004 года).
Доктор медицинских наук, профессор. Заслуженный врач РФ (звание присвоено в апреле 1999 года). Награжден орденом Почета "за большой вклад в развитие здравоохранения, медицинской науки и многолетнюю добросовестную работу" (23 декабря 2005 года).
В Министерстве здравоохранения и социального развития РФ подтверждают, что замминистра Владимир Стародубов подал в отставку.
rian.ru, 13 марта 2008 года.